Sebagai tindak lanjut dari Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 54 Tahun 1983, pada tanggal 1 September 1984 didirikan Kantor Catatan Sipil Tipe B di Kota Samarinda. Bapak M. Yusuf Djafri, BA dipercaya sebagai Kepala Kantor pertama, menandai dimulainya pelayanan administrasi kependudukan yang lebih terstruktur di daerah ini, dengan beralamat kantor dijalan Milono Nomor 1 Samarinda, yang pada saat itu KTP yang digunakan terbuat dari kertas yang dilaminasi plastik dan dicap dengan stempel tinta yang disebut sebagai KTP Konvensional. Beliau menjabat hingga tahun 1986, dan selama masa kepemimpinannya, M. Yusuf Djafri meletakkan fondasi awal bagi sistem pencatatan sipil di Kota Samarinda, termasuk penataan organisasi, pengembangan prosedur pelayanan, serta peningkatan kesadaran masyarakat akan pentingnya pelaporan peristiwa kependudukan. Pada tahun 1986, kepemimpinan dilanjutkan oleh Gusti Sehat sebagai penggantinya.

Bapak Gusti Sehat menjabat sebagai Kepala Kantor Catatan Sipil Kotamadya Samarinda menggantikan Bapak M. Yusuf Djafri pada tahun 1986. Masa kepemimpinannya berlangsung singkat, namun ia memegang peran penting dalam melanjutkan fungsi administrasi kependudukan di Kotamadya Samarinda pada tahap awal pembentukan kantor tersebut, yang merupakan bagian dari implementasi Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 54 Tahun 1983. Gusti Sehat wafat pada tanggal 6 Oktober 1987 saat masih menjabat. Untuk mengisi kekosongan jabatan, Bapak Zainuddin Djamidin, B.A. yang sebelumnya menjabat sebagai Kepala Sub Bagian Tata Usaha, diangkat sebagai Kepala Kantor Catatan Sipil menggantikannya.

Setelah wafatnya Kepala Kantor Catatan Sipil Kotamadya Samarinda saat itu, Bapak Gusti Sehat, pada tanggal 6 Oktober 1987, terjadi kekosongan kepemimpinan yang segera diisi demi kelancaran pelayanan administrasi kependudukan. Sebagai tindak lanjut, Bapak Zainuddin Djamidin, BA, yang saat itu menjabat sebagai Kepala Sub Bagian Tata Usaha, diangkat menjadi Kepala Kantor Catatan Sipil Kotamadya Samarinda, Beliau memimpin dari tahun 1987 hingga 1993. Dalam masa jabatannya, Zainuddin Djamidin dikenal sebagai sosok yang berdedikasi dan berkomitmen terhadap penataan administrasi pencatatan sipil. Di bawah kepemimpinannya, pelayanan kepada masyarakat terus ditingkatkan, serta tercipta fondasi organisasi yang lebih kuat dan tertib dalam tata kelola dokumen kependudukan. Pada tahun 1992 Pemerintah membangun gedung baru untuk Kantor Catatan Sipil dilingkungan halaman parkir kantor di Jalan Milono, maka seluruh pegawai pindah sementara ke jalan Basuki Rahmat yang Kantor tersebut dikenal sebagai Kantor Bersama Perusahaan Daerah milik Provinsi Kalimantan Timur, dan di tahun 1993 seluruh pegawai Catatan Sipil kembali ke Kantor Catatan Sipil dengan menempati kantor baru di Jalan Milono nomor 1 Samarinda.

Pada tahun 1993, tongkat estafet kepemimpinan Kantor Catatan Sipil Kotamadya Samarinda diserahkan kepada Bapak Drs. H. Syamsudin Usman, yang menjabat hingga tahun 2000, Beliau menggantikan Bapak Zainuddin Djamidin, BA, dan hadir di tengah dinamika perubahan sistem administrasi kependudukan nasional yang semakin berkembang. Selama masa jabatannya, Bapak Drs. H. Syamsudin Usman dikenal sebagai pemimpin yang tekun dan konsisten dalam membenahi sistem pelayanan pencatatan sipil. Ia berperan penting dalam menguatkan fungsi kelembagaan serta meningkatkan kesadaran masyarakat akan pentingnya pelaporan peristiwa vital, seperti kelahiran, kematian, perkawinan, dan perceraian. Dalam rangka memantapkan pelaksanaan titik berat otonomi pada Daerah Tingkat II maka ditetapkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 8 tahun 1995 tentang Penyerahan Sebagian Urusan Pemerintahan Kepada 26 (dua puluh enam) Daerah Tingkat II Percontohan, pada Bab II, Pasal 3, Kotamadya Samarinda masuk dalam katagori nomor 16. Daerah Tingkat II Kutai, Propinsi Daerah Tingkat I Kalimantan Timur.

Untuk memantapkan penyelenggaraan Catatan Sipil sebagaimana diatur dalam Keputusan Presiden Nomor 12 Tahun 1983 tentang Penataan dan Peningkatan Pembinaan Penyelenggaraan Catatan Sipil, dipandang perlu dikeluarkan Pedoman pelaksaannya, maka keluarlah Keputusa Menteri Dalam Negeri Nomor : 131 tahun 1997 tentang Penyelenggaraan Catatan Sipil dalam Kerangka Sistem Informasi Manajemen Kependudukan. Dan dalam rangka memantapkan penyelenggaraan Otonomi Daerah dengan titik berat pada Daerah Tingkat II, maka dipandang perlu menyerahkan sebagian urusan pemerintahan di bidang penyelenggaraan pendaftaran penduduk kepada Daerah Tingkat II, maka keluarlah Peraturan Pemerintah Republik Indoneisa Nomor 31 tahun 1998 tentang Penyerahan Sebagian Urusan Pemerintahan di Bidang Penyelenggaraan Pendaftaran Penduduk kepada Daerah. Dengan berlakunya Undang-undang nomor 22 tahun 1999, tentang Pemerintah Daerah, yang menyatakan bahwa sistem pemerintahan Negara Kesatuan Republik Indonesia menurut Undang-Undang Dasar 1945 memberikan keleluasaan kepada Daerah untuk menyelenggarakan Otonomi Daerah dan bahwa dalam penyelenggaraan Otonomi Daerah, dipandang perlu untuk lebih menekankan pada prinsip-prinsip demokrasi, peran serta masyarakat, pemerataan dan keadilan, serta memperhatikan potensi dan keanekaragaman Daerah. KTP yang digunakan masih menggunakan KTP Konvensional dengan menggunakan Sistem Informasi Manajemen Kependudukan (SIMDUK). Pada tahun 2000, masa kepemimpinan Bapak Drs. H. Syamsudin Usman berakhir dan posisi Kepala Kantor kemudian dilanjutkan oleh Drs. Abdan Mazkuri, MM.

Bapak Drs. Abdan Mazkuri, MM mulai menjabat sebagai Kepala Kantor Catatan Sipil Kotamadya Samarinda pada tanggal 1 Februari 2000, menggantikan Bapak Drs. H. Syamsudin Usman. Meskipun masa kepemimpinannya berlangsung singkat hingga tahun 2001, beliau berperan penting dalam melanjutkan dan menyempurnakan program-program pelayanan administrasi kependudukan yang telah dirintis oleh pendahulunya. Dengan latar belakang pendidikan di bidang manajemen, Bapak Drs. Abdan Mazkuri dikenal memiliki pendekatan yang terstruktur dan sistematis dalam tata kelola birokrasi. Kepemimpinannya turut memperkuat fondasi kelembagaan, khususnya dalam upaya mempersiapkan transisi menuju digitalisasi dokumen kependudukan yang mulai berkembang pada awal dekade 2000-an.

Pada tahun 2001, jabatan Kepala Kantor Catatan Sipil Kota Samarinda diserahkan kepada Bapak Dr. H. Islansyah, SE., MM, menggantikan Bapak Drs. Abdan Mazkuri, MM. Beliau menjabat hingga tahun 2006, dalam periode yang ditandai dengan semakin berkembangnya kebutuhan akan pelayanan administrasi kependudukan yang modern, cepat, dan akurat. Dengan latar belakang di bidang ekonomi dan manajemen, Dr. Islansyah membawa pendekatan yang adaptif dan inovatif dalam sistem pencatatan sipil. Di bawah kepemimpinannya, institusi mulai memperkuat landasan menuju modernisasi sistem pencatatan sipil, termasuk pengelolaan data kependudukan yang lebih efisien dan terintegrasi. Dengan mengacu pada Undang-undang nomor 22 tahun 1999, tentang Pemerintah Daerah dan dengan keluarnya Peraturan Daerah Kota Samarinda nomor : 03 tahun 2001 Tentang Pembentukan Susunan Organisasi Lembaga Teknis Daerah Kota Samarinda, pasal 2, ayat 3 maka Kantor Catatan Sipil resmi berubah menjadi Kantor Pendaftaran Penduduk Kota Samarinda.

Sejalan dengan arah desentralisasi dalam rangka pelancaran pelayanan dalam proses penetapan pengakuan, dipandang perlu untuk menugaskan kepada Menteri Dalam Negeri dan Otonomi Daerah guna melaksanakan pengakuan kewenangan Kabupaten/Kota, maka keluarlah Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 5 tahun 2021, tentang Pelaksanaan Pengakuan Kewenangan Kabupaten/Kota, Keputusan Menteri Dalam Negeri nomor : 130-67 tahun 2002, tentang Pengakuan Kewenangan Kabupaten dan Kota, maka Kantor Pendaftaran Penduduk Kota Samarinda berubah menjadi Kantor Pendaftaran Penduduk dan Keluarga Berencana Kota Samarinda yang dulunya urusan Keluarga berencana berada pada Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Nasional, maka dari KTP Konvensional terbitlah KTP Nasional dengan komposisi pembuatan KTP yang lebih standar terdapat foto pemilik dan dicetak langsung pada kartu plastik dengan menggunakan Sisitem Informasi Administrasi Kependudukan (SIAK). Berdasarkan Surat Keputusan Walikota Samarinda Nomor 821.2/0348-SK/PEG.II/2006, tanggal 15 Juni 2006, Kepemimpinannya Bapak Dr. H. Islansyah, SE., MM berakhir dan dilanjutkan oleh Bapak Drs. H. Muhadi, MS, yang kemudian melanjutkan upaya pembenahan dan peningkatan layanan publik di bidang kependudukan dan pencatatan sipil.

Bapak Drs. H. Muhadi, menjabat sebagai Kepala Kantor Pendaftaran Penduduk dan Keluarga Berencana Kota Samarinda sejak tahun 2006 hingga 2011. Masa kepemimpinannya berlangsung selama lima tahun, di mana beliau memainkan peran penting dalam mendorong transformasi layanan menuju sistem administrasi kependudukan yang lebih modern, efektif, dan efisien. Dikenal sebagai sosok yang tegas dan berpengalaman dalam birokrasi, Bapak Drs. H. Muhadi, memfokuskan kepemimpinannya pada peningkatan kualitas pelayanan publik. Beliau memberikan perhatian khusus terhadap penegakan tertib administrasi kependudukan, yang menjadi fondasi penting dalam penyusunan data kependudukan yang akurat dan dapat diandalkan. Selama masa jabatannya, Kantor Pendaftaran Penduduk dan Keluarga Berencana Kota Samarinda terus beradaptasi dengan perkembangan teknologi informasi dan regulasi nasional yang mengarah pada digitalisasi data, sebagai bagian dari reformasi pelayanan publik di era otonomi daerah.

Untuk penyelenggaraan pemerintahan daerah, kepala daerah perlu dibantu oleh perangkat daerah yang dapat menyelenggarakan seluruh urusan pemerintahan yang dilaksanakan oleh pemerintahan daerah, maka Presiden Republik Indonesia mengeluarkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 41 tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah dan berdasarkan Perpres RI tersebut, maka Walikota Samarinda mengeluarkan Peraturan Daerah Kota Samarinda Nomor : 11 tahun 2008 tentang Organisai dan Tata Kerja Dinas Daerah Kota Samarinda, dan tertuang dalam bab II, pasal 2, ayat (2), huruf h, menyatakan bahwa Kantor Pendaftaran Penduduk dan Keluarga Berencana Kota Samarinda berubah menjadi Dinas Kependudukan dan Catatan Sipil Kota Samarinda, berdasarkan Perwalikota Samarinda tersebut Bapak Drs. H. Muhadi dilantik menjadi Kepala Dinas Kependudukan dan Catatan Sipil Kota Samarinda. Pada tanggal 01 Maret 2011 Baapak Drs. H. Muhadi memasuki purna tugas sesuai Surat Keputusan Preaiden RI nomor : 61/K tahun 2010, tanggal 5 Oktober 2010. Berdasarkan Surat Keputusan Walikota Samarinda nomor : 821.2/0338-SK/BKD-II.I/2011 tanggal 08 Maret 2011, Jabatan Bapak Drs. H. Muhadi diserah terimakan kepada Bapak Drs. H. Jony Bachtiar Seman, M.Si.

Pada tahun 2011, kepemimpinan Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil atau yang disingkat Disdukcapil Kota Samarinda beralih kepada Bapak Drs. H. Jony Bachtiar Seman, M.Si, yang membawa semangat baru dalam reformasi pelayanan publik di bidang administrasi kependudukan. Di bawah kepemimpinannya, Disdukcapil terus berupaya meningkatkan kualitas pelayanan masyarakat melalui pembenahan infrastruktur, tata kelola layanan, serta kesiapan sistem informasi kependudukan yang lebih modern dan terintegrasi, KTP Nasionalpun beralih menjadi KTP Elektronik yang memiliki chip yang dapat menyimpan data pribadi yang dapat digunakan sebagai alat identifikasi yang lebih aman dan valid. Salah satu peristiwa penting yang terjadi dalam masa jabatannya adalah relokasi sementara kantor Disdukcapil ke area Stadion Segiri pada tahun 2013, sebagai dampak dari proses renovasi gedung kantor utama. Renovasi tersebut selesai pada bulan Mei 2014, menandai dimulainya era baru pelayanan Disdukcapil dengan fasilitas yang lebih representatif dan nyaman bagi masyarakat. Kepemimpinan Bapak Drs. H. Jony Bachtiar Seman dikenal kuat dalam hal pengelolaan organisasi dan responsif terhadap kebutuhan masyarakat, seiring meningkatnya tuntutan terhadap pelayanan administrasi yang cepat, akurat, dan berbasis teknologi.

Pada bulan Mei 2014, setelah proses renovasi selesai, Kantor Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kota Samarinda resmi kembali beroperasi di lokasi semula, yaitu di Jalan Milono. Pada masa tersebut, kepemimpinan diemban oleh Bapak H. Fitermen, SH., MM, yang menjabat sebagai Kepala Dinas hingga tahun 2016. Selama masa jabatannya, Bapak H. Fitermen , SH., MM berfokus pada penguatan pelayanan publik pasca-renovasi, serta peningkatan kenyamanan dan efisiensi layanan bagi masyarakat. Dengan latar belakang pendidikan hukum dan manajemen, beliau dikenal sebagai pemimpin yang mengedepankan ketertiban administrasi dan tata kelola organisasi yang profesional. Di era kepemimpinannya, Disdukcapil terus mendorong pemanfaatan teknologi informasi dalam pencatatan sipil dan pengelolaan data kependudukan, sejalan dengan visi nasional menuju pelayanan administrasi yang modern, cepat, dan transparan.

Pada tahun 2016, Bapak H. Abdullah, SH., M.Si resmi menjabat sebagai Kepala Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kota Samarinda. Di bawah kepemimpinannya, Disdukcapil mengalami berbagai pembaruan dalam sistem pelayanan yang lebih responsif terhadap kebutuhan masyarakat. Pasa pada masa jabatannya, beliau telah melahirkan beberapa Inovasi yaitu SI PAHIT (Sistem Pelayanan Hitungan Menit), Pak Dola Kadis (Pelayanan Dokumen Langsung Antar Kerjasama Disabilitas), Padulantas (Pengaduan Langsung Tuntas), dan Wadai Belapis Manis (Wadah Layanan Adminduk Kelurahan Terintegrasi Berbasis Aplikasi Mudah & Gratis). Program ini bertujuan memberikan kemudahan dan kecepatan akses layanan dokumen kependudukan, sekaligus menandai komitmen dinas dalam meningkatkan kualitas dan efisiensi pelayanan publik. Bapak H. Abdullah dikenal sebagai sosok yang visioner dan dekat dengan masyarakat. Dengan gaya kepemimpinan yang komunikatif dan inovatif, beliau berhasil mendorong perubahan positif dalam budaya kerja aparatur serta memperkuat kepercayaan masyarakat terhadap pelayanan Disdukcapil.

Tahun 2020, penanda babak baru sejarah kehidupan manusia dengan adanya pandemi Covid- 19, yang merupakan bencana besar dengan menghadapi wabah penyakit menular yang mematikan, untuk itu Walikota Samarinda mengeluarkan Peraturan Walikota Samarinda nomor 43 tahun 2020 tentang Penerapan Disiplin dan Penegakan Hukum Protokol Kesehatan sebagai Upaya Pencegahan dan Pengendalian Corona Virus Disease 2019 (Covid-19), tanggal 27 Agustus 2020, sejak kasus Covid-19 di Indoneisa yang berkepengaruh terhadap seluruh wilayah termasuk Kota Samarinda mulai dari gelombang pertama pada bulan Januari s/d Februari 2020, dan pada tanggal 24 Maret 2021, Peraturan Walikota Nomor 43 tahun 2020 tentang Penerapan Disiplin dan Penegakan Hukum Protokol Kesehatan Sebagai Upaya Pencegahan dan Pengendalian Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) (Berita Daerah Kota Samarinda Tahun 2020 Nomor 108) , dicabut dan dinyatakan tidak berlaku, Walikota Samarinda Kembali membuat Peraturan Walikota Samarinda nomor 13 tahun 2021 tentang Penerapan Disiplin dan Penegakan Hukum Pelaksanaan Protokol Kesehatan sebagai Upaya Pencegahan dan Pengendalian Corona Disease 2019 (COVID-19), lalu Covid-19 dinyatakan berada dalam gelombang kedua pada bulan Juni s/d Juli 2021, dan semakin meningkat pada tanggal 17 Februari s/d 2 Maret 2022. Dengan adanya Covid-19 seluruh pegawai Disdukcapil Kota Samarinda selalu mengikuti protokol Kesehatan dengan mengadakan vaksin dan lainnya, pada tanggal 26 Maret 2022 Disdukcapil resmi pindah kantor ke Jalan Basuki Rahmat Nomor 78 Samarinda, eks. kantor Mall Pelayanan Publik (MPP), dan bergabung dengan Dinas Tenaga Kerja Kota Samarinda.

Dengan berjalannya waktu akhirnya Bangsa Indonesia terbebas dari bencana pandemi, terbukti dengan keluarnya Keputusan Presiden RI Nomor 17 tahun 2023, tentang Penetapan Berakhirnya Pandemi Corona Virus Disease 2019 (Covid-19) di Indonesia, tanggal 21 Juni 2023. Berdasarkan Keputusan Waikota Samarinda nomor : 882.4/9533/2022, tentang Pemberian Kenaikan Pangkat Pengabdian, Pemberhentian dan Pemberian Pensiun Pegawai Negeri Sipil yang Mencapai Batas Usia Pensiun, maka tanggal 1 Agustus 2023 Bapak H. Abdullah, SH., M.Si resmi pensiun, dan sebagai gantinya maka Bapak H. M. Subhan, S.Sos selaku Sekretaris Disdukcapil Kota Samarinda menjadi Plt. Kepala Disdukcapil Kota Samarinda, hingga keluarlah Keputusan Walikota Samarinda nomor 800.1.3.3/199/HK-KS/I/2024, tentang Pengangkatan Pegawai Negeri Sipil dalam Jabatan Pimpinan Tinggi Pratama di Lingkungan Pemerintah Kota Samarinda yang menyebutkan bahwa Bapak Eko Suprayetno, S.Sos sebagai Kepala Disdukcapil Defenitif pada tanggal 17 Januari 2024.

Pada tanggal 17 Januari 2024 sampai dengan sekarang, Bapak Eko Suprayetno, S.Sos resmi menjabat sebagai Kepala Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kota Samarinda, menggantikan kepemimpinan sebelumnya dengan semangat perubahan dan transparansi informasi. Dibawah kepemimpinannya, Disdukcapil Kota Samarinda menghasilkan rancangan perubahan inovasi unggulan yaitu “3 in 1 Smart Service” yang dirancang untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas pelayanan publik, dengan memanfaatkan teknologi informasi dan komunikasi yang bertujuan untuk mempercepat proses administrasi kependudukan, mengurangi antrian serta memastikan akurasi dan keamanan data.

Perubahan tersebut memiliki 3 komponen yaitu :

• Smart Notifikasi, merupakan sistem yang dirancang untuk memberikan informasi cerdas secara otomatis kepada ketua RT mengenai peristiwa penting yang terjadi di lingkungan mereka seperti kelahiran, kematian, kedatangan dan kepindahan penduduk. Melalui notifikasi ini ketua RT dapat langsung menerima informasi terbaru tanpa harus menunggu laporan manual dari warga;
• Smart Arsip Digital, merupakan suatu sistem informasi yang otomatis menyimpan dan mengintegrasikan dokumen pelayanan ke dalam arsip digital, mengurangi penggunaan kertas dan mempermudah akses serta pencarian dokumen;
• Smart Populalsi, adalah sistem yang menyediakan informasi jumlah penduduk secara real-time. Dengan adanya sistem ini, data jumlah penduduk akan selalu terupdate dan dapat diakses kapan saja oleh petugas dan pemangku kepentingan. Hal ini sangat penting untuk perencanaan dan pengambilan keputusan yang berkaitan dengan kebijakan kependudukan dan pelayanan publik.

Inovasi ini merupakan bagian dari upaya mewujudkan pelayanan publik yang modern, berbasis teknologi, dan berorientasi pada kepuasan masyarakat. Bapak Eko Suprayetno, S.Sos dikenal sebagai sosok yang progresif dan adaptif terhadap perubahan zaman, serta aktif mendorong digitalisasi layanan guna mendukung terwujudnya tata kelola pemerintahan yang transparan dan akuntabel dalam 2 (dua) mekanisme tahapan yaitu :

• Pengajuan permohonan layanan pencatatan sipil; dan
• Pengajuan permohonan layanan pendafataran penduduk.